“什么？卧底全部都被……”坐在车上的柯南惊讶地看着面前的朱蒂和詹姆斯。
白天的时候,他和少年侦探团的小伙伴们在东京水族馆里遇见了一个身上都是伤的，什么都不记得的银发女人。他们想要帮助她，将她送到了水族馆的医务室里。
在水族馆中，他们遇上了借住在工藤家的研究生冲矢昴。
冲矢昴说是写论文的间隙想要休息一下,来水族馆散散心。遇到孩子们带着一个伤痕累累的女人,还很担心,一直跟着孩子们去了水族馆的医务室，也问了那个女人不少问题。
发现冲矢昴时,柯南就觉得有些不对劲。很快真田带着警视厅的警察赶到了现场,认为那个银发女人是前一天交通事故的参与者,并且很可能是始作俑者，因此将人送到了警察医院。
在水族馆的医务室中，进行的初步检查,是这位银发女人脑部存在伤势,但失忆并不是因为伤势,而是因为这个女人本身拥有的一种特殊“病症”。
冲矢昴看上去很关心这个女人，一直跟着去了警察医院。阿笠博士带着孩子们去吃午饭，冲矢昴去了警察医院,柯南没从冲矢昴那里问出什么,但已经意识到这可能是个组织成员。他在冲矢昴的默许下拿走了银发女人身边的手机，认为这会是一个重要线索。不过手机是指纹锁定的，需要先去找阿笠博士解锁。
在路上,他见到了开车的詹姆斯和朱蒂,从詹姆斯和朱蒂这里得知了卧底名单被偷走这件事。
果然,那个女人是组织的人！怪不得灰原是那种反应……等等，既然如此，医生所说的那种病症……
朱蒂并不知道柯南想到了什么,只是有些难过地叹了口气：“加拿大那边，执行任务的是亨特。我们收到消息后联系了加拿大那里的同事，想办法做了布置。但时间太赶了……”
那一枪有偏移，但偏偏阿夸维特被枪击的地点是在高空。FBI本部和加拿大机构联系上以后设计了几个方案，但阿夸维特本人认为自己不能牵连潜伏到组织却还没有暴露的其他人，还是坚持按照命令去了那个高塔上。
原本他会穿安全绳的，在简单商议后他设计的方案，是处理自己安全绳的开关。
枪击避开了他的致命点，但疼痛还是让他失去平衡，他在冲击力下往后坠落。
加拿大的机构在高塔中间布置了安全设施。亨特射击的地点是在直升飞机上，开直升飞机的驾驶员是他的监督员和辅助。确认击中目标
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