至此整个行朝全部迁到了琼州，赵昺下旨放假三天，让众臣安排家事和众军进行休整。而这几天他也没有闲着，分别召见了琼州旧将，详细了解他离开后的各种情况。然后又请太后提议举行朝议，就行朝的人事和军事等紧要问题进行商讨。太后应允，却称病没有出席，下懿旨由陛下代为主持，只将议后的决议告之即可。
三月初一日，在大庆殿举行了行朝迁琼后的第一次大朝会。颁布诏令升琼州为府，作为大宋临时行在，管琼州和昌化军两州；同时改吉阳军为崖州府，领吉崖州和万安军。以江璆知琼州府，以蔡完义知崖州府，赵与珞升为户部侍郎。同时撤销琼州制置司，以文天祥为右相兼枢密院副使，应节严为参知政事，刘师勇为枢密院佥事。
同时对各军进行整编，原帅府军改为殿前侍卫亲军，下辖前、后、左、右、中，五军，兵额六万，仍以赵孟锦为都统；将行朝所属各军和勤王义勇皆归于殿前禁军，亦改编为五军，兵额四万，以江铭为都统。同时将各部水军统一遍为殿前水军，下辖白沙水军、澄迈水军和临高水军，及直属摧锋军、勇敢军，兵额四万万人，以刘洙为都统。
同时保留御前护军，兵额万人，以倪亮为都统。如此行朝共有兵力十五人，裁减的兵额暂归于转运司辎重军。另外成立皇城司，将原帅府的总计司、匠作司、修造所和事务局及护军侍卫营划入其中。入内侍省仍以王德为都知，窦兴为副都知，负责宫内一切事宜。而行朝各部及琼州各州县官员暂不做变动，仍各司其职。
诏令一下，朝廷上下都大松口气，因为早有流言传出，迁琼后陛下将对行朝官员进行清洗，换成潜邸旧臣。而陆相也在准备精减官员，以便减少财政开支，那样大批官员将会赋闲，因此到琼后人心浮动，惶惶不安，都在为自己谋求后路。因此上朝时大家是个个蔫头耷脑，提心吊胆，害怕回家之后就已经没了饭碗，可结果大出众臣意外，当然是无不赞陛下仁德。
按照宋朝惯例，在端午节应赐给百官夏服，完整的五件套包括“润罗公服、红罗绣抱肚、黄縠汗衫、小绫勒帛”，以及扇子两把，主要使用罗和绉纱两种夏季面料。夏日不得不穿着外套的时候，还可以贴身先穿上一件用细小单枝竹管串接成网状的竹衣，俗称“隔汗衣”入农历六月，最酷暑时，则换上“葛纱”，到了“葛衣期”。琼州不比临安，一年四季都是热的，太后体谅改惯例为三月三赐夏服。
紧接着赵昺又从总计司管辖的内藏库中拨出钱粮补发了朝廷所欠薪俸，抚恤历次战斗中
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