同盟国首脑会晤结束之后，顾祝同没有离开běijīng，而是按照冯承乾的吩咐，留下来参加国防部的筹备工作。
当时，刘伯恩下了死命令，国防部必须在战争结束之前成立，而且必须在两个月内拿出详细的组建方案，在六月底之前开始试运行，而其第一个任务就是对三军的武器装备情况做全面调查。
有趣的是，三军司令都没有亲自参与筹备工作。
到四月初，顾祝同已经得知，冯承乾没有留在青岛的海军疗养院，在三月底就已经秘密回到běijīng。此外，吴铁生与刘亚光也回到了běijīng。在四月初的时候，刘伯恩以准备参加曼谷首脑会晤为命离开了总统府。
显然，这四位大人物去商量成立国防部的事情了。
顾祝同的主要任务，就是为海军在即将成立的国防部争取到更多的好处，即确保海军在三军中的地位。
可以说，这是一件非常棘手的工作，也非常容易得罪人。
要知道，在阻挠建立国防部的努力失败之后，陆军肯定希望在国防部中占主导地位，而空军也不会甘于人后。
忙到五月底，筹建国防部的工作总算是有了眉目。
这就是，三军代表都认识到，国防部只是一个文职管理机构，即便掌握了军队中最重要的人事任免权与军费分割权，也不具备指挥军队作战的能力，因此必须建立一个以指挥作战为主的军事机构，而这就是总参谋部。
当然，细节上的问题依然存在。
比如，三军代表都认为，总参谋部应该是一个与国防部平行的机构，并不受国防部的节制，但是zhèngfǔ代表却认为。总参谋部不可能拥有与国防部平等的地位，最多只能算得上是国防部的一个下设机构，必须受国防部节制。说得简单一点，在平时，总参谋部只有制订战争计划与军队联合训练演习的权力，而到了战争时期，在得到了国防部的授权之后。总参谋部才有指挥军队作战的权力。
在这件事情上，顾祝同扮演了极为重要的角sè。
这就是。正是他改变了立场，站在了zhèngfǔ这边，才迫使陆军与空军妥协，而代表陆军的张文渊与代表空军的骆崇明都把顾祝同当成了叛徒，认为正是顾祝同的转变，使军队的利益受到了极大损害。
要知道，这等于完全放弃了自主权。
当然。顾祝同的理由只有一个，即军人必须放弃权力，更得通过制度使军人不具备干预政
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